Kiểm toán Công nghệ Thông tin khác với Kiểm toán báo cáo tài chính. Trong khi mục đích kiểm toán tài chính là đánh giá một tổ chức có gắn với tiêu chuẩn thực hành kế toán, mục đích của kiểm toán Công nghệ Thông tin là đánh giá về các thiết kế hệ thống kiểm soát nội bộ và sự hiệu quả mang lại. Trong môi trường hệ thống thông tin (IS), kiểm toán là một sự kiểm soát hệ thống thông tin, đầu vào, đầu ra và các quá trình xử lý.[1]